2004年(《2代重制版》故事的6年后),保护伞公司制作的T病毒因泄漏导致生化灾害,一连串的负面新闻导致公司股票价格暴跌。美国联邦政府在各国政府的压力下暂停保护伞公司的业务,其后公司于一年前便宣告破产,所有地下研究中断,T病毒的传播得以停止。当年被卷进浣熊市生物灾害的前警员“里昂·S·肯尼迪”(Leon S. Kennedy)已成为美国总统直属的最高机密组织成员。某日他奉命到西班牙某村庄营救被拐去的总统女儿“阿什莉·格拉汉姆”(Ashley Graham)。到达该处后里昂发现所有村民皆与他敌对,且在对抗时发现他们效忠于一个名为“光明教团”(Los Illuminados)的邪教团体。因此里昂最严苛的冒险就此展开。